Die frühesten Erwähnungen des Ortsnamens finden sich um 700 nach Christus, so beim Geographen von Ravenna, der den Namen Uburzis schrieb und in einer Urkunde von 704, wo von in castello Virteburh die Rede ist. Spätere Namensformen sind Wirzaburga, Uuirziburg , Wirciburg und Werzebvrc.

Würzburg wird erstmals 704 erwähnt, und 742 ernannte der heilige Bonifatius den heiligen Burhard zum ersten Bischof von Würzburg. Die erste Kirche wurde 788 erbaut und von König Karl dem Großen geweiht. Die Bischöfe errichteten nach und nach einen weltlichen Staat, dem im 12. Jahrhundert große Teile Frankens angegliedert wurden. Zwischen 1040 und 1225 wurde die heute noch existierende Kathedrale im romanischen Stil erbaut.

 

Die Universität Würzburg wurde 1402 und dann wieder 1582 gegründet. Während des Bauernkriegs wurde die Stadt erfolglos belagert. Während des Dreißigjährigen Krieges wurde sie von König Gustav Adolf von Schweden erobert (1631). 1802 wurde das Bistum säkularisiert, 1803 kam die Stadt zu Bayern, 1805 wurde sie Hauptstadt des entstehenden Herzogtums Würzburg. Im Jahr 1814 wurde Würzburg an Bayern zurückgegeben, und 1821 wurde das Bistum wiederhergestellt.